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經(jīng)過認(rèn)證的有機(jī)食品可以通過化學(xué)誘變進(jìn)行基因改造（將種子浸泡在改變 DNA 的化學(xué)物質(zhì)中，從而對(duì)數(shù)十萬(wàn)個(gè)基因產(chǎn)生大規(guī)模、隨機(jī)的變化）。

經(jīng)過認(rèn)證的有機(jī)產(chǎn)品可以通過輻射誘變進(jìn)行基因改造：用高強(qiáng)度伽馬輻射對(duì)植物或其種子進(jìn)行爆破以改變 DNA。

經(jīng)認(rèn)證的有機(jī)食品不能通過順基因或轉(zhuǎn)基因基因添加進(jìn)行基因改造（例如，從胡蘿卜中提取可產(chǎn)生維生素 A 的基因并將其放入大米中，從而使大米產(chǎn)生維生素 A）。

在美國(guó)，經(jīng)過認(rèn)證的有機(jī)產(chǎn)品可以通過 CRISPR/cas9 基因沉默（關(guān)閉基因以防止其表達(dá)）進(jìn)行基因改造。在其他一些國(guó)家，它不能通過CRISPR/cas9 基因沉默進(jìn)行修改。

可以通過雜交從其他植物中添加基因來(lái)修改經(jīng)過認(rèn)證的有機(jī)食品，只要基因添加不是以精確定制的方式進(jìn)行即可。在反轉(zhuǎn)基因方法中科學(xué)素養(yǎng)較低的部分有一個(gè)奇怪的神話，即雜交不會(huì)改變植物的 DNA；例如，一位著名的反轉(zhuǎn)基因 Quora 用戶反復(fù)說過這一點(diǎn)，這讓我相信很多人并不真正理解“混合”是什么。